The NEBNext® End Repair Module has been optimized to convert 1 μg – 5μg of fragmented DNA to blunt-

ended DNA having 5´ phosphates, and 3´-hydroxyls. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow.

NEBNext End Repair Enzyme Mix

NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C

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The NEBNext® dA-Tailing Module enables incorporation of a non-templated dAMP on the 3´ end of a blunt-ended DNA fragment. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 µg of input DNA.

 Klenow Fragment (3´→ 5´ exo–)

 NEBNext dA-Tailing Reaction Buffer

-20°C

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The NEBNext® Quick Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible

with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with the NEBNext End Repair Module (NEB #E6050) and the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053) and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 μg of input DNA.

 Quick T4 DNA Ligase

 NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer

-20°C

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 –  RNA Sample Preparation
 –  Second Strand Synthesis of cDNA

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module has been optimized to generate double-stranded cDNA from first-strand cDNA, as part of the NEBNext non-directional RNA library preparation workflow. 

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module is Designed for Use with the

Following:

 –  NEBNext Ultra II RNA First Strand Synthesis Module (NEB #E7771)

 –  NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7546)

 –  NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)

 –  NEBNext Ultra™ II Q5^® Master Mix (NEB #M0544)

 –  NEBNext^® Oligos for Illumina^® (NEB #E7335, #E7500, #E7710, #E7730, #E6609, #E7600,

    #E7535,  #E7350)

NEBNext^® Second Strand Synthesis Enzyme Mix

NEBNext^® Second Strand Synthesis Reaction Buffer

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NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物（双端检索引物）

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。

 停产通知：该产品将于 2021 年 12 月 15 日停产，推荐替代产品为 #E7546S

The NEBNext® Ultra™ End Repair/dA-Tailing Module is optimized to convert 5 ng–1 μg of fragmented DNA to repaired DNA having 5′ phosphorylated, 3’ dA-tailed ends. The module is optimized for use with

NEBNext Ultra Ligation Module (NEB #E7445), and is part of the original Ultra workflow, which enables

library preparation from 5 ng – 1 μg of input DNA in a streamlined protocol.

NEBNext End Prep Enzyme Mix

NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C

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 停产通知：该产品将于 2021 年 12 月 15 日停产，推荐替代产品为 #E7546S

The NEBNext® Ultra™ End Repair/dA-Tailing Module is optimized to convert 5 ng–1 μg of fragmented DNA to repaired DNA having 5′ phosphorylated, 3’ dA-tailed ends. The module is optimized for use with

NEBNext Ultra Ligation Module (NEB #E7445), and is part of the original Ultra workflow, which enables

library preparation from 5 ng – 1 μg of input DNA in a streamlined protocol. 

    NEBNext End Prep Enzyme Mix

    NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C

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停产通知：该产品将于 2021 年 12 月 15 日停产，推荐替代产品为 #E7595S

The NEBNext® Ultra™ Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with NEBNext Ultra End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7445), and is part of the original Ultra workflow, which achieves library preparation from 5 ng – 1 µg of input DNA in a streamlined protocol. 

The NEBNext Ultra™ Ligation Module is Designed for Use with the Following Products:

NEBNext Ultra™ End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7442)
NEBNext Singleplex or Multiplex Oligos for Illumina® (NEB #E7350, #E7335, #E7500, #E7710 , 

#E7730, #E6609, #E7600)
NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR Master Mix (NEB #M0543)
NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix (NEB #M0541)

 Blunt/TA Ligase Master Mix

 NEBNext^® Ligation Enhancer

-20°C

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– NEBNext Oligo d(T)₂₅ 磁珠

– NEBNext RNA 结合缓冲液（2X）

– NEBNext 洗脱缓冲液

– 无核酸酶污染的水
– NEBNext Tris 缓冲液 

The NEBNext RNA First Strand Synthesis Module is designed for synthesis of cDNA from RNA fragments using ProtoScript® II Reverse Transcriptase and random priming. Single strand cDNA can be used directly for second strand cDNA synthesis. For use in directional (strand-specific) protocols, Actinomycin D is

required and must be purchased separately.

 –  NEBNext First Strand Synthesis Reaction Buffer

 –  Random Primers

 –  ProtoScript® II Reverse Transcriptase

 –  Murine RNase Inhibitor

Materials Required but not Supplied

If you are using the module for Directional RNA Seq, Actinomycin D (Sigma #A1410 dissolved in

dimethylsulfoxide [DMSO] to 5μg/μl) is required. See protocol for details.

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