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小鼠TCR分析SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634815	SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs)	24 Rxns	￥18,607
Clontech	634816	SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs)	96 Rxns	￥61,267
Clontech	634814	SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs)	4×96 Rxns	￥229,909

SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)

· 适合不同起始量的样本：支持1 ng-1 μg小鼠脾脏或T细胞来源的total RNA，或者10 ng -1 ng 小鼠全血、骨髓或者胸腺来源的total RNA，或者纯化后完整的小鼠T细胞（100-10,000个）起始 · 无需多对引物：每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基 · 添加UMI校正偏差：引入UMI建库，校正PCR偏差及测序错误产生的reads · 更可靠的样本-数据拆析结果：搭配使用UDI index建库，在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性 · 更灵活的测序选择：可自由选择分析V(D)J 全长信息，或是分析CDR3区 · 完整的流程：搭配特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software完成测序数据分析

*科研及盈利机构在用该试剂盒建库、测序后，均可免费使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析测序数据

■ 产品说明

SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)是一款具有高灵敏度和低偏差的小鼠TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART（Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template）全长cDNA合成技术与5’RACE技术，可捕获TRA和TRB基因完整的V(D)J可变区，用于后续NGS分析。

该试剂盒支持使用不同input量的RNA（RIN＞7）或细胞起始，均可获得高品质的测序文库，如小鼠脾脏或T细胞来源 total RNA(1 ng-1 μg)，以及全血、骨髓、胸腺来源total RNA(10 ng -1 ug)，或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)。

文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。

同时，该试剂盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads，提供更正确和可靠的结果。

搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），最多可支持384个样本同时测序。

特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software (Cogent IP)，能直接对Illumina测序仪的下机数据进行高品质的TCR profiling分析，包括克隆型的鉴定与计数、V(D)J区域的序列分析。另外，基于云的Cogent NGS Immune Viewer，能可视化的展示TCR数据，使用Cogent IP输出文件，可以轻松生成可供发布的图表结果。

■ 建库原理

■ 不同起始量和不同样本类型的克隆型检测数据

图1 评估试剂盒在不同样本起始量和样本类型中的性能表现

Panel A 分别对10，100，250，500和1,000 ng小鼠脾脏来源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制备了TRA (蓝色) 和TRB (紫色) 文库，然后在Illumina NextSeq测序（PE 150），测序reads downsampled至1.5×107。结果显示，随着起始量的增加，检测到的克隆型数量也随之增加。 Panel B 分别对四种不同样品类型的小鼠RNA（200 ng RNA）使用SMART-Seq Mouse TCR制备文库。然后在Illumina NextSeq测序（PE 150），测序reads downsampled至2.5×107。测序结果表明，TCR序列在这些样品类型中都被灵敏地检测到，这表明该试剂盒非常适合用于小鼠TCR的分析。

■ 再现性和准确度测试数据

图2 使用UMIs校正PCR重复和测序错误

Panel A. 对10 ng小鼠脾脏来源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制备TRA和TRB文库。其中蓝线和紫线分别是指经过UMI修正误差和和没有经过UMI修正误差的数据。 Panel B. 为了评估SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)的再现性，使用该试剂盒分别对10 ng和100 ng小鼠脾RNA起始样本构建TCR文库。然后在Illumina MiSeq测序。维恩图显示分别使用300 cycles和600 cycles测序时，两者之间至少有87%的克隆型重叠，表明该试剂盒卓越的再现性。

■ 更灵活的测序选择

图3 评估试剂盒的测序灵活性

为了评估该试剂盒是否支持全长V (D) J或CDR3序列，使用该试剂盒分别对10 ng和100 ng小鼠脾脏RNA起始样本构建TCR文库。然后在Illumina MiSeq测序平台使用300 cycles和600 cycles进行测序。测序read downsampled 至1×106。使用Takara Bio Cogent NGS Immune Profiler软件处理数据。

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