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自动化友好型的单细胞/微量样本mRNA全长分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634792	SMART-Seq® mRNA HT LP	24 Rxns	￥9,422
Clontech	634793	SMART-Seq® mRNA HT LP	96 Rxns	￥37,530
Clontech	634794	SMART-Seq® mRNA HT LP	4×96 Rxns	￥139,866
Clontech	634795	SMART-Seq® mRNA HT	24 Rxns	￥7,699
Clontech	634796	SMART-Seq® mRNA HT	96 Rxns	￥29,653
Clontech	634791	SMART-Seq® mRNA HT	4×96 Rxns	￥108,348

SMART-Seq mRNA HT LP & SMART-Seq mRNA HT

◆ 自动化友好型 – 兼容自动化工作站，更少的时间分析更多的样本 ◆ 高灵敏度 – 可以从单细胞或10 pg总RNA起始（起始量：1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA） ◆ 高质量的RNA-Seq数据 – 保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本 ◆ 单管操作流程 – SMART-Seq mRNA HT包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 ◆ 增强的测序性能 – SMART-Seq mRNA HT搭配使用整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 ◆ 更高的文库产量 – 更便于使用高通量型Illumina测序仪测序（如Novaseq），或保存剩余的文库用于多次测序   ■ 产品说明： SMART-Seq mRNA HT和SMART-Seq mRNA HT LP均兼容自动化移液工作站，采用oligo(dT)引物，支持1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA起始，合成高品质的全长cDNA。SMART-Seq mRNA HT包含核心cDNA合成试剂，SMART-Seq mRNA HT LP在此基础上，同时包含文库构建试剂，并且搭配Unique Dual Index kits(单独购买)使用，最多可以制备384个Illumina测序文库。 SMART-Seq mRNA HT具有简化的操作流程，可用于FACS下游，并且由于引入了一步RT-PCR扩增步骤，从而减少了手动操作时间。本试剂的核心技术-SMART技术（Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template)，是一种对全转录组研究，以及包括细胞内剪接位点、可变剪接研究的强大的工具，并且可以检测全长基因。Oligo（dT）可用于从高品质总RNA（RIN> 8）或完整细胞中特异性扩增mRNA。通过采用LNA技术，提升了模板转换的效率与基因检出数等性能。 SMART-Seq mRNA HT LP在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了文库构建技术，提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！ 如果是以随机引物起始，对少量细胞或者降解的Total RNA样本进行RNA-Seq分析时，推荐使用SMART-Seq Stranded Kit。   ■ 实验流程概要：

图1. SMART-Seq mRNA HT LP的技术流程

■ 数据展示：

注：SMART-Seq mRNA HT LP和SMART-Seq mRNA HT是SMART-Seq HT PLUS Kit和SMART-Seq HT Kit的等效替代品。 以下展示来源于SMART-Seq HT Kit和 SMART-Seq HT PLUS Kit的数据。

● SMART-Seq HT有更简洁的操作流程

图2. SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较

SMART-Seq HT（右）是由SMART-Seq v4方法（左）改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单细胞，SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA，而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR，即使用一步RT-PCR缓冲液，进行高效的反转录和PCR扩增cDNA的过程。

● SMART-Seq HT和SMART-Seq v4之间的基因表达分析比较

Sequencing metrics comparing SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits RNA source 10 pg Mouse Brain Total RNA cDNA synthesis SMART-Seq v4 SMART-Seq HT Replicate A B C A B C Yield (ng) 7.3 8.5 9.4 9.5 9.9 9.2 Number of transcripts 14,168 13,934 14,147 14,510 14,650 14,553 11,455 11,267 11,349 11,582 11,670 11,454 Number of transcripts 14,168 13,934 14,147 14,510 14,650 14,553 Average Pearson/Spearman 0.97/0.67 0.97/0.68 0.96/0.66 Proportion of reads mapped (%) rRNA 0.7 0.6 0.5 1.1 1.1 1.1 Mitochondria 2.8 4.2 4.1 3.7 3.8 4.2 Genome 92.3 90.8 86.6 89.1 89.0 87.8 Exons 74.8 72.5 69.0 67.3 67.1 65.3 Introns 13.3 14.1 13.3 16.9 16.9 17.4 Intergenic regions 4.2 4.2 4.4 4.9 5.0 5.2

分别使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT从10 pg小鼠脑总RNA制备cDNA后，使用Illumina的Nextera XT DNA Sample Prep Kit制备文库，之后在NextSeq上进行测序（2 x 75 bp）。结果显示，使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒鉴定的转录本高度重叠。

● 从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质Illumina文库

(比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq HT完成cDNA合成。随后分别使用SMART-Seq Library Prep Kit（SSlp）与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。 从测试数据中可以看出，SS-HT PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。 两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SS-HT PLUS文库能比A公司文库多检出10%的基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

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