皮克级链特异 Total RNA-Seq (for Illumina)酶试剂盒Takara Clontech

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皮克级链特异 Total RNA-Seq (for Illumina)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	635005	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	12 Rxns	￥15,684
Clontech	635006	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	48 Rxns	￥46,033
Clontech	635007	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	96 Rxns	￥63,435
Clontech	634411	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	12 Rxns	￥12,881
Clontech	634412	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	48 Rxns	￥43,794
Clontech	634413	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	96 Rxns	￥57,613
Clontech	634414	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	192 Rxns	￥103,664

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SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input
Mammalian以皮克级总RNA构建Illumina链特性RNA-seq文库

· 皮克级样品起始—可以250 pg-10 ng人，小鼠或大鼠总RNA起始
· 用途广泛—可以不同品质RNA（包括FFPE/LCM样品及游离RNA）制备文库，获得高重复再现数据
· 性能提升-不增加PhiX也可获得较高的簇通过过滤百分比（FP%），识别更多转录本，重复更少
· 保留链来源信息—转录本链来源信息识别准确度高
· 快速，一体化流程—整体流程只需~6 h ，改良了buffer配方，缩短了文库纯化时间
· 无缝衔接Illumina测序—直接制备多达96种index的 Illumina^®-ready文库

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian设计用于从皮克级总RNA(250 pg–10 ng)中高效制备Illumina测序文库。本试剂中采用的技术适用于高品质，部分降解及低品质RNA（如来自于FFPE或LCM样品）。本试剂是一体化操作流程，保留了链来源信息，并且不需要下游文库制备，在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。升级产品与原有SMARTer 皮克级产品相比，提升了在所有Illumina测序平台的测序性能，并且文库纯化操作更加方便。
核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重（~90%）。在制备文库前从总RNA中去除掉这些大量的RNA，有利于降低测序成本，提高统计数据的比对比率。但是在以微量样品起始时，如果一开始就从总RNA中去除rRNA，会造成纯化后的起始样品太少而不能制备高品质测序文库，本试剂采用专有的特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA（来源于核糖体RNA的cDNA片段）。采用本试剂制备的文库与前代试剂制备的文库接头配置不同，即使是使用基于双通道SBS技术的Illumina平台如NextSeq^®， MiniSeq^™，和 HiSeq^® 3000/4000测序时，不需要添加大量PhiX也可以获得高比例的簇通过过滤百分比(%PF)。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads，这又反过来减少了测序成本。采用Pico v2 Kit同样可以获得更多的特异转录本，更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。此外，Pico v2 Kit包含了一种新的PCR buffer，提高了文库纯化效率。
试剂盒提供12，48，96和192次反应规格。高通量版本试剂 (Code No. 634413,634414) 包含12种反向引物，8种正向引物，最多可以构建96种indexes文库。包括文库构建及纯化的整体流程只需~6 h。

不同样品起始量解决方案：
· 10-100 ng 总RNA, 推荐使用 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian
· 100 ng-1 μg总RNA, 推荐使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian

图1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian技术流程

图2. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian提高了通过过滤百分比（FP%）。如图所示，分别采用Pico v1 或Pico v2制备文库并使用NextSeq 500 或 MiniSeq平台测序。图中，蓝色图框表示未过滤（原始）reads的簇密度分布，绿色图框表示通过过滤reads的簇密度分布。图中显示了通过过滤的reads数（以百万计）和每个run的%PF。

图3. 新的SeqAmp CB PCR buffer利于磁珠-沉淀物形成。Pico v2中的PCR buffer经过重新设计可以更快、更紧密的形成磁珠-沉淀物。经过磁力分离后，在新的SeqAmp CB buffer（右）中的沉淀物比原来PCR buffer（左）中的沉淀物更紧密。紧密的沉淀物比松散的沉淀物更容易干燥，易于重悬。

图4. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian 提升了灵敏度和重复再现性。上图为以1 ng和10 ng人肺FFPE来源的总RNA起始，分别采用Pico v1和Pico v2构建文库，NextSeq 500测序数据。Panel A. 以1 ng和10 ng样品起始，分别采用Pico v1和v2构建文库的测序数据。Panel B. 不同样品起始量之间，转录本表达水平的比较分析。

Technote：
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