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NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2 收藏
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产品特点
该新产品进一步提升了二代测序（NGS）流程中 FFPE DNA 的修复效果
概述
FFPE 是福尔马林固定石蜡包埋样本，由于其固定和保存的方法，给其中的 DNA 造成严重损伤，因此从 FFPE 样本中获取高质量的序列数据就变得具有挑战性。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 是一种优化的酶混合物，旨在修复 FFPE 样本 DNA，同时配有经过优化的试剂，能实现更精简的 NGS 文库制备流程。
产品描述
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复不同质量的 FFPE DNA 后，都能进行高效的文库制备。选用 25 ng 不同质量和组织来源的 Covaris® 超声打断后的 FFPE DNA 样本制备文库。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）建库，共进行 9 个 PCR 循环。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 根据起始 DNA 的质量和损伤类型，不同程度地提高 FFPE 文库的产量。误差条表示每个文库样本两次重复的标准差。
使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复 5 – 250 ng FFPE DNA 后，都能进行高效的文库制备。选用 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本制备文库，比较使用和不使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复的文库制备效果。使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和（a）NEBNext® 发夹结构接头，针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库，以及（b）NEBNext® Unique 双端 Index 引物，UMI 接头（NEB #E7395），针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量，图中绘制了 2 个文库（5 和 50 ng）和 1 个重复（250 ng）的平均产量。误差条表示 5 和 50 ng 文库重复的标准差。使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，针对 5 ng 至 250 ng 的 FFPE DNA 样本，NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 都能进行高效的文库制备。
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能提高各项文库质量指标，包括比对率、正确匹配的双端 reads 和嵌合序列。选用三份 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本（使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复），采用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）制备文库。使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads，并使用 Bowtie2（v2.3.2）将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组（RefSeq 884148）进行比对。使用 MarkDuplicates（v1.56.0）分析比对上的 Reads，使用 Picard SAM/BAM 比对汇总指标（v1.56.0）。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 可提高比对率，并降低非正确匹配和嵌合序列。
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能修复 FFPE DNA 样本中存在的大量胞嘧啶脱氨损伤。选用两种 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本（DIN 2.0 和 DIN 1.8，），使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后，采用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）制备文库后，使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads，并使用 Bowtie2（v2.3.2）将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组（RefSeq 884148）进行比对。根据等式MAX（[C T]-[G A]）/（[NC]+[NG]），EXP（-10）），使用 MarkDuplicates（v1.56.0）分析比对上的 Reads，使用 Tasmanian（V0.1.3）分析 dCdT（CT）突变。（a）：在 Read 1 和 Read 2 中，绘制了 CT 突变频率与 Read 位置（0 – 75 bp）的函数关系图。当使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后，在两个不同的 FFPE DNA 样本中，这些 CT 突变的丰度和位置偏差都显著降低。（b）：Read 2 中的错误突变被量化为总频率。图中结果是每种情况下的两个重复数据。
