单细胞total RNA分析酶试剂盒Takara Clontech

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单细胞total RNA分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634442	SMART-Seq^® Stranded Kit	12 Rxns	￥12,631
Clontech	634443	SMART-Seq^® Stranded Kit	48 Rxns	￥41,939
Clontech	634444	SMART-Seq^® Stranded Kit	96 Rxns	￥55,549

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SMART-Seq^® Stranded Kit

SMART-Seq^®Stranded Kit：以单细胞起始，构建高质量的链特异性RNA-seq文库

· 操作简便：以1–1,000个细胞或10 pg-10 ng的总RNA起始，仅需7h即可完成文库制备；
· 高灵敏度：可以单细胞起始，保留链特异性，最终获得全长总RNA序列信息；
· 高再现性：准确检测包含编码和非编码RNA在内的全部转录组；
· 用途广泛：适用于降解的样本；
· 适用对象：人、小鼠、大鼠。

SMART-Seq^® Stranded Kit能够直接从1-1,000个完整细胞（或10 pg-10 ng总RNA）起始，制备链特异性Illumina测序文库。本试剂采用随机引物法可以制备完整的转录组文库，并适用于部分降解及低品质的RNA。此外，本试剂采用专有的ZapR技术，在文库制备过程中去除核糖体cDNA。

如果是以oligo-dT引物起始对微量高品质的RNA进行cDNA合成时，推荐使用 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing 或SMART-Seq HT Kit试剂盒。

图1. SMART-Seq Stranded Kit的技术流程

图2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制备文库的结构特征

接头序列包含：通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列（P7以淡蓝色表示，P5以红色表示），用于区分单个lane上多个样本的Index序列（Index 1 [i 7] 序列连接在P7端，Index 2 [i 5]连接在P5端）。并且还包括识别测序引物区域的Read 2（紫色）和 Read 1（绿色）。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列，Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中，通过Read 2起始时，前3个碱基（XXX）是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在双端测序时，需要在mapping前去掉这3个碱基。

表1.不同样本起始量的分析结果

以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。该表中所显示的数据是三次重复的平均值，且重复之间相关性系数非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量为10 pg时，也具有非常高的重现性。

图3. 在低起始量时，SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比较

Panel A.以人脑总RNA (50 pg-10 ng)起始，分别使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制备RNA-Seq文库（均做三次重复）。从测序数据随机抽取250万paired-end reads进行生物学信息分析。

Panel B.比较这两个试剂盒在总RNA以 50 pg起始制备文库的转录表达水平 (见Panel A)， SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再现性高于Pico v2 (pearson =0.92)。